English Türkçe

Quick Access


Bu Dergi DOI ve Crosscheck üyesidir


Summary


Oryza rufipogon Griff. Mitokondri Genomunun (mtDNA) In silico SSR Analizi
Kültüvarı yapılan çeltik türleri, insan beslenmesi için en önemli ürünlerden biridir. Oryza cinsi 21 yabani ve 2 kültüvar tür barındırmaktadır. Oryza rufipogon Griff. kültüvar çeltiğin yabani atasıdır ve aynen kültüvar çeltik türleri gibi (Oryza sativa L. ve Oryza glaberrima Steud. ) AA genom yapısına sahiptir. Basit dizi tekrarları (SSRs) olarak da bilinen mikrosatellitler, bütün genomda dağılmış halde bulunan küçük ve birbirini izleyen tekrarlardır (1-6 bç). Bu çalışmada, biyoenformatik araçlar kullanılarak in silico O. rufipogon mitokondriyal genomunda SSR’ları (mtSSR) tanımladık. Mitokondriyal genomda 594 SSR ortalama 1 SSR/1.06 kb olarak belirledik ve mtSSR’ların %96’sının kodlama yapmayan bölgelerde olmasına karşın mtSSR’ların %4’ü kodlama yapan bölgelerde gözlemlendi. Tek nükleotid SSR’lar kodlama bölgelerinde baskın olmasına karşın üç nükleotid SSR’lar mitokondriyal genomda en fazla bulunan tekrarlardır. Tek nükleotid tekrarları için en sık tekrar A/T (85.5%), ikili nükleotid tekrarları için AG/CT (70.59%), üçlü nükleotid tekrarları için AAG/CTT (30.9%), dörtlü nükleotid tekrarları için AAAG/CTTT (24.5%), beşli nükleotid tekrarları için eşit AAATT/AATTT, AAGAT/ATCTT, AATTC/GAATT ve CCCGG/CCGGG (16.7%), altılı nükleotid tekrarları için AAAAAT/ATTTTT (100%) bulunmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmanın bulguları gelecekte farklı Oryza türleri için filogenetik, evrimsel genetik, genetik haritalama ve mtSSR temelli genetik çeşitlilik çalışmalarına bilimsel bir zemin sağlayacaktır.

Turkish Keywords
Oryza rufipogon, çeltik, mtDNA, SSR, in silico analiz.

Advanced Search


Announcements















    [JAFAG] Yeni Sayımız Basılmıştır JAFAG, 34 (2)

    [JAFAG] New Issue Published JAFAG, 34 (2)



    Call for papers

    To Researcher:

    I am delighted to invite you to disseminate your research findings in Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University (JAFAG).  I wish to publish original research articles in agricultural sciences. In our journal: rapid manuscript publication and peer review process with online manuscript submission system, quick access of your research results to global audience  with open access system.

    I hope you will contribute your article for publication in JAFAG and thanking you in advance.


    AIMS and SCOPE

    Journal of Agricultural Faculty is scientific, peer reviewed journal and belonged to the Gaziosmanpasa University Faculty of Agriculture since 1985. Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University aims to publish the national and international scientific paper on agriculture sciences (agricultural economics, animal science, biosystems engineering, field crops, fisheries engineering, horticulture, plant protection, soil science and plant nutrition). The journal is published the third issues in a year from 2014.


    Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University (JAFAG)

    Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University (JAFAG) is an international peer-reviewed journal and belonged to the Gaziosmanpasa University Faculty of Agriculture since 1985.

    The journal is open access.

    The journal has both online and printed publishing.

    The journal has a manuscript submisson system.

    There are no page charges.


    INDEXING

    ACADEMIC JOURNALS DATABASE

    AGRICOLA

    ARASTIRMAX

    CAB ABSTRACTS

    CROSSREF

    DIRECTORY OF SCIENCE

    DOAJ (DIRECTORY OF OPEN ACCESS JOURNALS)

    DRJI (DIRECTORY OF RESEARCH JOURNAL INDEXING)

    EBSCO

    EFITA (INTERNATIONAL DIRECTORY OF AGRICULTURE, FOOD AND THE ENVIRONMENT)

    ELECTRONIC JOURNALS LIBRARY

    FAO- AGRIS

    GENAMICS JOURNALSEEK

    GLOBAL IMPACT AND QUALITY FACTOR

    GOOGLE SCHOLAR

    INDEX COPERNICUS

    JOURNAL INDEX

    JOUR INFORMATICS

    OPEN ACCESS LIBRARY

    OPEN J-GATE

    RESEARCH BIBLE

    ROAD (DIRECTORY OF OPEN ACCESS SCHOLARLY  RESOURCES)

    SIS (SCIENTIFIC INDEXING SERVICE)

    SCIENCE CENTRAL

    THE GROVE ONLINE LIBRARY

    TUBITAK-ULAKBIM

    ULRICHSWEB

    WORLDCAT


    [JAFAG] New Issue Published JAFAG, 34 (2)

    Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University, JAFAG has just published its latest issue (Vol 34, No 2, 2017, JAFAG) at http://ziraatdergi.gop.edu.tr.

    ICV Impact Factor: 4.95 (2012) - 5.94 (2013) - 70.06 (2016)

    We invite you to review the Contents here and then visit journal web site to review articles.

    Thanks for the continuing interest in our work in journal.



Address :Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi Yayın Ünitesi, Tokat-TÜRKİYE / Adress:Journal of Agricultural Faculty of Gaziosmanpasa University Publishing Unit, Tokat, TURKEY
Telephone :03562521616-2178 / Telephone: +90 356 252 16 16- 2 Fax :03562521488 / Fax:+90 356 252 14 88
Email :ziraatdergi@gop.edu.tr/ e-mail: ziraatdergi@gop.edu.tr

Web Yazılım & Programlama Han Yazılım Bilişim Hizmetleri